W roku 1914 wstąpił do Brygady Legionów Polskich, z której szybko – na skutek choroby - został zwolniony. Wrócił do Sandomierza i szybko włączył się w życie lokalnej społeczności. Był aktywny na wielu polach. Już pod koniec 1915 roku współorganizuje prywatne gimnazjum polskie, w którym uczy łaciny i języka polskiego. Nauczycielem był pomysłowym, ciągle eksperymentował, zachęcał uczniów do samodzielnego myślenia. Założył kółko literackie i teatralne, wprowadził uczniowski samorząd szkolny. W 1916 roku zorganizował Zrzeszenie Nauczycielstwa Szkół Początkowych. Był też współorganizatorem spółdzielczej księgarni nauczycielskiej "Ognisko". Jej zarządowi przewodniczył do 1924 roku. W tym czasie spełniał się na niwie pedagogicznej: uczył języka polskiego w Seminarium Nauczycielskim w Sandomierzu, wykładał naukę o Polsce współczesnej na Wyższych Kursach Nauczycielskich, organizował Wakacyjne Kursy Uniwersyteckie, (przekształcone po zjeździe podobnych organizacji w roku 1924 w Powszechny Uniwersytet Regionalny im. Stanisława Konarskiego).
W latach 1928-1939 pracował jako radca w Ministerstwie Wyznań Religijnych i Oświecenia Publicznego. Szefował, m. in., tamtejszej bibliotece. W stolicy założył Koło Sandomierzan, które skupiało absolwentów sandomierskich szkół.
Jednocześnie Aleksander Patkowski, w myśl hasła: od poznania swojego regionu, do poznania swojego kraju, krzewi idee krajoznawstwa i regionalizmu. To z jego inicjatywy zwołano I Polski Kongres Regionalizmu. Dużo podróżuje, również poza granice kraju. Z pasją i poświęceniem bada dzieje Sandomierza i okolic, zbierając wszystko, co dotyczy tych stron. Po pierwszej wojnie światowej reaktywował wraz z J. Kwiatkowskim, J. Pietraszewskim i A. Wyrzykowskim działalność sandomierskiego oddziału PTTK. Walnie przyczynił się do powstania Komitetu Ochrony Puszczy Jodłowej i utworzenia w Górach Świętokrzyskich „Parku Narodowego im. Stefana Żeromskiego”. Zagadnień krajoznawczych dotyczyły też jego kolejne publikacje, na przykład, „Pamiętnik Świętokrzyski”, „Ruch regionalistyczny w Europie”, czy „Sandomierskie Góry Świętokrzyskie”. Życiowe credo Patkowskiego odnajdujemy w dziele „Snobizm i postęp”, gdzie pisze, że rzeczywisty postęp wyrasta na własnej ziemi, gdzie zachęca do pomnażania i wzbogacania dorobku polskiej kultury, gdzie tłumaczy, że najpierw trzeba poznawać i uczyć się kochać własny kraj, by potem móc zrozumieć tradycję i problemy innych państw. W tym wszystkim główną rolę – zdaniem Patkowskiego – powinna odgrywać oświata.
W okresie okupacji uczył na kompletach, układał tablice synchroniczne do nauki historii, tłumaczył na język polski utwory z literatury angielskiej. 12 stycznia 1941 został aresztowany i wywieziony do obozu koncentracyjnego w Oświęcimiu. Tam, 22 marca 1942 roku, zmarł.
Aleksander Patkowski miał przyjaciół we wszystkich środowiskach społecznych. Przyjaźnił się ze Stefanem Żeromskim, Aleksandrem Janowskim, Franciszkiem Bujakiem, Stanisławem Thuguttem, Mieczysławem Limanowskim. Szczególna zażyłość łączyła go ze Stefanem Żeromskim. Działalność pedagogiczna Aleksandra Patkowskiego inspirowała Żeromskiego podczas pisania dramatu "Uciekła mi przepióreczka". Patkowskiemu dedykował później znaczną część swych prac.
Był odznaczony m. in. Złotym Krzyżem Zasługi oraz Złotym Wawrzynem Polskiej Akademii Literatury (1935).
Po II wojnie światowej Oddział PTTK w Sandomierzu uczcił pamięć wybitnego regionalisty i pedagoga wmurowaniem pamiątkowej tablicy na frontowej ścianie Domu PTTK, a jednej z ulic Sandomierza nadano jego imię.
Muzeum Okręgowe w Sandomierzu przyznaje Nagrodę im. Aleksandra Patkowskiego. Jej celem jest inspirowanie i zachęta do kontynuowania działań wzorowanych na dorobku i osiągnięciach Aleksandra Patkowskiego, a tym samym przyczynienie się do wyzwolenia aktywnego stosunku wobec własnego środowiska, rozwijania badań z zakresu przeszłości i kultury regionu, utrwalania odrębności lokalnych oraz popularyzacji tzw. małych ojczyzn.
